Первые упоминания об этом религиозном памятнике архитектуры относятся к 10 в. Большой монастырь был построен на месте, где раньше находились рудники, в шахтах которых добывалось серебро и медь. Скорее всего, это и послужило поводом для названия храма, ведь Гандзасар на армянском наречии обозначает «скала сокровищ». Архитектура здания соответствует армянским строениям. Прямоугольный зал венчает большой купол, а к стенам зала пристроены 2 придела. Как и требовали традиции того времени, на стенах монастыря размещены барельефы с изображениями Адама, Евы и библейских сюжетов.
На протяжении многих веков у стен монастыря было много завоевателей, которые хотели овладеть священным местом. Монастырь был обнесен большой толстой каменной стеной, но и она не всегда спасала монахов от яростных атак врагов. Попытки взять монастырь боем и осадой предпринимали и турки, и татаро-монголы. В ходе этих нападений разрушались и вновь восстанавливались его строения и крепостная стена. Последние печальные события обрушились на монастырь в ходе Нагорно-Карабахского конфликта.
Сегодня в монастырь приходят паломники из разных уголков страны. Мирный уклад монахов никто не нарушает. На территории религиозного комплекса действует библиотека, церковная лавка и семинария.
