На месте одной из красивейших церквей, которая сохранилась в селе Гарни, когда-то давно было языческое строение. Подтверждает этот факт большой камень во дворе церкви, на котором высечены изображения и птиц и орнаменты. Почему в 12 в. для строительства христианского края было выбрано это место, доподлинно неизвестно. Но ученые точно выяснили, что с начала основания церковь Маштоц Айрапет не имела никакого отношения к языческой вере.
Первый православный храм на этом месте был назван в честь Св. Сиона. Позднее здесь нашел для себя прибежище известный и почитаемый армянами католикос Маштоц I. Этого служителя церкви жители Армении почитают за то, что он создал армянскую письменность, которой они пользуются до сегодняшних дней. Католикос привез в храм драгоценности и сокровища из одного из крупнейших Кафедральных соборов страны, чтобы сберечь и остался жить и служить в стенах храма. Здесь же он был похоронен, а на его могиле установлен большой надгробный камень.
В конце 20-го в. удалось отреставрировать это религиозное строение. Полностью восстановлено его внутреннее убранство, а также по старинным эскизам расписаны купол и стены. Церковь Маштоц Айрапет является местом паломничества для многих верующих жителей Армении и других государств.
