Железнодорожный вокзал Алатырь относится к Казанскому отделению Горьковской железной дороги.
Появление станции связано с строительством железной дороги Рузаевка – Свияжск в 1893 году. Помимо самой станции появились депо и железнодорожные мастерские. Позже из последних был образован паровозоремонтный завод, который до 1930-х годов оставался единственным крупным промышленным предприятием в Чувашии. В годы Второй мировой войны станцию использовали как сортировочный пункт распределения раненых солдат и командиров.
Появление в регионе и городе железной дороги повлияло на развитие промышленности и привело к росту населения Алатыри.
В 2007 году проводилась реконструкция вокзала, построен новый пешеходный мост. А в 2010 году вокзал полностью отреставрировали. Кроме того, на станции установили памятник Паровоз. Станция Алатырь содержится в прекрасном состоянии и является ярким примером образцового эстетического состояния Горьковской железной дороги.
Через станцию проходят поезда дальнего следования в направлении Новосибирска, Перми, Екатеринбурга, Старого Оскола, Новороссийска. В летнее время через станцию курсирует поезд Ижевск – Адлер.