Создание арбитражного суда автономной Еврейской республики создавалось в результате голосования народных депутатов автономного округа. Ранее эта область была частью Хабаровского края, поэтому не имел своего отдельного суда до 1991 года. После принятия решения создать свой собственный арбитражный суд пришлось делать его на базе государственных органов. При создании данного суда, область не имела возможность выделить большое помещение и дать возможность работать достаточно количеству судей. Изначально работа суда начиналась с тринадцати человек, которые сразу приступив к работе, начали рассматривать дела граждан данной области. Из данного персонала было всего шесть судей и дополнительно несколько человек, которые разместились на остальных должностях.
Данный суд спустя некоторое время развивался и уже на 2014 год имеет в своем составе тридцать семь человек. На данный момент в складе суда есть два состава, которые могут работать отдельно друг от друга. Кроме того, все судебные споры решаются на территории автономной области. Поэтому здесь же и есть мировой суд, который также рассматривает заявления граждан и выносит решения. Апелляции по решениям суда, рассматриваются на территории автономной области.