Прямо перед самым началом Великой Отечественной войны исполнительный комитет в Биробиджане постановил создать в городе краеведческий кружок, который должен был за короткое время собрать коллекцию экспонатов для будущего краеведческого музея. А в 1944 был открыт и музей.
Первым его директором стал Г.Л. Гринбер, который внёс огромный вклад в развитие и становление краеведческого музея. Он расположился в здании областной библиотеки имени Шолом-Алейхема. Все выставки, организованные и проведённые в первые годы показывали насколько быстро вырос город и чего он достиг за 17 лет своего существования. Среди экспозиций были предметы, которые показывали экономическое и культурное развитие не только города, но и всей Еврейской автономной области.
В 80-е годы прошлого века здесь стали проходить уроки мира и сборы пионеров. Кроме того сотрудники музея сотрудничали со многими археологами и научными библиотеками. Музейно-краеведческий совет работал над развитием культурных связей в городе и области.
С 2002 года здесь начал свою работу Детский музейный центр. А в 2004 году музей был награждён дипломом, как организация оказывающая одну из лучших услуг в городе.