В 1785—1796 годы на средства архангельского купца Лобанова была возведена церковь Захарии и Елисаветы. В 1823 году в левой пристройке церкви была открыта бурса, где обосновались учащиеся духовного приходского училища.
В 1920 году монастырь был преобразован в артель и окончательно закрыт в 1923 году. В 1930-х годах использовался под лагерь НКВД.
После войны надвратная церковь Захарии и Елизаветы была разрушена.
Восстановление монастыря велось в очень тяжёлых условиях, местные власти не желали содействовать передаче и возрождению обители. До 2009 года богослужения совершались в Преображенском приделе (пристроенном к Спасскому собору).
К настоящему времени, по окончании восстановления главного храма, освящены три отреставрированных престола: во имя Всемилостивого Спаса, в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи, и во имя порока Илии.
