Вокзал был открыт в 1919 году в связи с открытием железной дороги Казань — Екатеринбург. Станция является частью Горьковской дороги и относится к Ижевскому отделению. Само строительство железнодорожной линии началось в 1916 году около Сюгинского стеклозавода. Потому и первое название вокзала было — Сюгинская.
По обеим сторонам от дороги постепенно строился поселок, который затем вырос до больших размеров и получил статус города в 1926 году. Электрификация станции произведена в 1984 году на участке до Агрыза или Шемордана.
Архитектура здания до настоящего времени не менялась, станция так и остается деревянной, только вставили новые окна и оборудовали системами безопасности. Внутри имеются помещения для пассажиров — зал ожидания и 2 кассы.
В настоящее время станция обслуживает несколько междугородних и пригородных сообщений, например, на Ижевск и Казань. В Москву из Можги можно попасть ижевским поездом. Обратно в направлении из столицы на станцию Круглое поле. Популярными направлениями из Можги являются: Братск, Барнаул, Киров. В планах руководства (по крайней мере, с 2015 года) построить новый вокзал, гораздо вместительнее старого.