Железнодорожный вокзал Няндома появился в поселке с началом строительства в 1894 году первой узкоколейной железной дороги «Вологда — Архангельск». В это время были заложены первые временные землянки и построены жилые дома.
В процессе вырубался лес чтобы в будущем иметь возможность расширить железнодорожное полотно. Осенью 1895 года были уложены первые рельсовые пути, сделана закладка вокзала и церкви. Регулярное движение поездов по линии «Вологда — Архангельск» открылось в 1898 году.
В 1923 году станция была объединена с поселком Шенкурский, и получила название Няндома.
В настоящее время вокзал осуществляет перевозки во многие города России. В том числе Санкт-Петербург, Архангельск, Москва, Вологда и многие другие направления. На его территории можно воспользоваться услугами справочной, восстановить утерянный билет, заказать такси или оформить билет на поезда пригородного сообщения.
Вокзал находится в центре города и располагается по улице Севастьянова.
Сам же поселок с 2006 года является административным центром МО «Няндомское».
