С момента образования в 1938 г. аэропорт Ферганы долгое время использовался, как аэродром для военных сил СССР. После войны, когда воздушный порт города начал осуществлять гражданские полеты, его территория стала совместной для пассажирских и военных самолетов. С 1999 г. «воздушная гавань» осуществляет только гражданские вылеты, военные самолеты покинули территорию аэродрома.
С наступлением Миллениума началась перестройка здания аэровокзала и переоснащение взлетно-посадочной полосы аэродрома. С этого момента аэропорт начал обслуживать рейсы в другие страны. Всего в расписании воздушного порта Ферганы представлено 24 регулярных рейсов в такие города, как Казань, Новосибирск, Москва, Краснодар. Чаще всего осуществляются вылеты в Бухару и Ташкент. Большая часть самолетов отправляется в рейс в ночное и вечернее время. Большую часть полетов выполняет транспорт, принадлежащий национальной авиакомпании Узбекистана, а также таким компаниям-перевозчикам, как Эйрлайнс и Ютэйр.
Здание аэровокзального комплекса после реконструкции стало удобнее для путешественников. В нем располагается несколько стоек регистрации, залы ожидания, служба погранично-таможенного контроля, ресторан, банкоматы, медицинский пункт и другие сервисы, позволяющие чувствовать себя удобно и безопасно на территории аэропорта.